Según entiendo, los tres conectores son porque tu electro tiene 2 velocidades. Ese que tenés con dos cables debe tener una velocidad sola. Eso significa que no va a funcionar igual. Habría que chequear el caudal de aire que empuja el universal, comparado con el original en cada una de las velocidades, para saber si con ese ventilador vas a estar en una de las siguientes condiciones:
1. Insuficiencia de ventilación en todas las condiciones: si el caudal de tu ventilador es menor que el del original conectado en baja.
2. Insuficiencia en condiciones extremas: si el caudal es mayor que la baja velocidad del original pero menor que la alta
3. sin insuficiencia, si el caudal del generico es mayor que la alta del original.
En cualquiera de los casos puede ser además que el ventilador te consuma más corriente que el original, haciendo que el auto te consuma más combustible por litro.
Con respecto a la conexión, te dejo los diagramas eléctricos según Autodata:
Según veo, cuando está conectada la baja, tenés masa sólo en un cable, el marrón con blanco; cuando está conectada la alta tenés masa en ambos, el marrón con blanco y el rojo con blanco. Por lo tanto en teoría podrías conectar el negativo de tu ventilador al marrón con blanco de la instalación del coche, y andaría. El rojo con blanco lo podés dejar libre (aislado con cinta o termocontraible para evitar problemas).
Ahora, lo que se puede hacer eléctricamente no tiene nada que ver con lo que se puede hacer desde el punto de vista del motor. Sin saber las medidas de caudal de los ventiladores, no vas a saber nunca si a ese ventilador le da para enfriar en condiciones extremas, con lo cual podés causar un recalentamiento del motor con las consecuencias gravísimas asociadas, así que no me hago responsable

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Saludos